Outils pour les séquences

• Conversions de formats
• Affichage
• Features
• Édition de séquence
• Manipulation de séquences

• Conversions de formats

SQUIZZ

• squizz_checker: Vérificateur de format de séquence et/ou d'alignement.
• squizz_convert: Convertisseur de format de séquence et/ou d'alignement.

• Affichage

EMBOSS

• abiview: Affiche une trace ABI.

• Features

EMBOSS

• extractfeat: Extraction des features d'une séquence.
• maskfeat: Masquage des features d'une séquence.
• showfeat: Affichage des features d'une séquence.
• twofeat: Recherche de paires de features voisines dans des séquences.

• Édition de séquence

EMBOSS

• biosed: Remplacer ou supprimer une section de séquence spécifiée par son contenu.
• cutseq: Supprimer une section de séquence.
• degapseq: Enlever les gaps d'une séquence.
• descseq: Changer le nom ou la description d'une séquence.
• extractseq: Extraire une ou des régions d'une séquence.
• extractfeat: Extraire une ou des features d'une séquence.
• makenucseq: Créer des séquences nucléiques alléatoires
• makeprotseq: Créer des séquences protéiques alléatoires
• maskseq: Masquer des régions d'une séquence
• maskfeat: Masquer des features d'une sequence.
• newseq: Créer de séquence
• pasteseq: Insérer une séquence dans une autre.
• revseq: Inverser et complémentee une séquence nucléique
• seqret: Lire et modifier des séquences
• showfeat: Extraire des features d'une fiche de banque.
• twofeat:Finds neighbouring pairs of features in sequences
• trimest: Retirer les poly-A de séquences d'EST.
• trimseq: Supprimer les bits ambigus à la fin de la séquence.
• vectorstrip: Eliminer des séquences de vecteur de clonage.
• yank: Reads a sequence range, appends the full USA to a list file

• Manipulation de séquences

EMBOSS

• entret: Lire et modifier des fiches de banques
• listor: Produire un fichier listant l'union de deux fichiers de séquences.
• notseq: Exclure des séquences d'un fichier.
• nthseq: Ecrire une séquence parmi plusieurs séquences.
• seqretsplit: Lire et diviser en plusieurs fichiers un jeu de séquences
• splitter: Eclater une séquence en plusieurs petites séquences recouvrantes.
• skipseq: Enlever les n premières séquences d'une liste.
• union: Construire une séquence à partir de fragments.