Analyses de séquences nucléiques
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Recherche de motifs
- EMBOSS
-
- dreg:
Rrecherche d'expressions rationnelles dans une séquence nucléique
- fuzznuc:
Recherche d'un motif donné dans une séquence
d'ADN.
- fuzztran:
Recherche d'un motif protéique après traduction d'une
séquence d'ADN.
- gruppi:
Clusters de sites de liaison
- marscan:
Recherche de sites MAR/SAR dans une séquence
nucléique.
- SCAN_FOR_MATCHES
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- CONSENSUS
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- consensus:
Identification de motifs consensus dans des séquences non
alignées.
-
Recherche de gènes, régions codantes
- GENSCAN
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- XPOUND
-
- xpound:
Modèle probabiliste pour la détection de régions
codantes.
- EMBOSS
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- coderet:
Extraction de CDS, mRNA et de traductions des tables de
features.
- getorf:
Extraction d'ORFs (Open Reading Frames).
- marscan:
Recherche de sites MAR/SAR dans une séquence
nucléique.
- plotorf:
Graphe des ORFs potentiels.
- showorf:
Affichage améliorée des traductions d'une séquence.
- syco:
Statistiques de Gribskov sur l'usage de codons
synonymes.
- tcode:
Statistique de Fickett pour identifier des zones codantes
- wobble:
Wobble base plot
-
Recherche de sites de restriction
- TACG
-
- tacg:
Sites de restrictions, motifs nucléiques.
- EMBOSS
-
- recoder:
Extraction de sites de restriction tout en maintenant la traduction
- redata:
Recherche dans REBASE d'un nom, d'une référence ou d'un
fournisseur d'enzyme.
- restover:
Find restriction enzymes producing specific overhang
- restrict:
Recherche de site de clivage d'enzymes de
restriction.
- silent:
Criblage par enzymes de restriction de mutations
silencieuses.
-
Recherche de facteurs de transcription
- EMBOSS
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- tfscan:
Recherche des facteurs transcription.
-
Recherche de répétitions
- REPEATS
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- repeats:
Recherche de motifs (1 à 32 nucléotides), répétés en
tandem.
- MREPS
-
- mreps:
Identification de répétitions contigües.
- EMBOSS
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- einverted:
Recherche de répétitions inversées.
- equicktandem:
Recherche rapide de répétitions en tandem.
- etandem:
Recherche de répétitions en tandem.
- palindrome:
Recherche rapide de répétitions inversées
-
Traduction de séquences nucléiques
- EMBOSS
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- backtranambig:
Traduction inverse d'une protéine en codon.
- backtranseq:
Traduction inverse d'une protéine en ADN.
- plotorf:
Graphe des ORFs potentiels.
- prettyseq:
Output sequence with translated ranges.
- showorf:
Affichage améliorée des traductions d'une séquence.
- transeq:
Traduction d'une séquence nucléique.
-
Usage du code
- CODONW
-
- codonw:
Logiciel pour l'analyse de l'usage des codons et l'analyse
multivariée simplifiée de l'usage des codons.
- EMBOSS
-
- cai:
CAI codon adaptation index
- chips:
Statistiques d'usage des codons.
- codcmp:
Comparaison de tables d'usage de codons.
- cusp:
Crée une table d'usage des codons.
- syco:
Statistiques de Gribskov sur l'usage de codons
synonymes.
-
Ilots CpG
- EMBOSS
-
-
Recherche de primers
- PRIMO
-
- primo:
Sélection de primers pour PCR.
- EMBOSS
-
- primersearch:
Recherche de paires de primers.
- eprimer3:
Sélectionne des primers de PCR et des oligos
d'hybridation.
- stssearch:
Search a DNA database for matches with a set of STS
primers
-
Propriétés et composition des séquences nucléiques
- MELTING
-
- melting:
Enthalpie, entropie et température de fusion de la
liaison, à son motif complémentaire, d'un
oligonucléotide.
- EMBOSS
-
- banana:
Calculates the twisting in a B-DNA sequence>
- btwisted:
Bending and curvature plot in B-DNA sequence
- chaos:
Create a chaos game representation plot for a
sequence
- compseq:
Count composition of dimer/trimer/etc words in a
sequence
- dan:
Calcule la température de fusion DNA RNA/DNA.
- freak:
Base frequency table or plot
- isochore:
Graphe des isochores dans de grandes séquences d'ADN.
- sirna:
Recherche de duplexes siRNA .
- wordcount:
Comptage des mots d'une taille donnée.
-
Analyse de Features
- EMBOSS
-
-
Analyse de séquences d'ARN
- MFOLD
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- mfold:
Prédiction de structure secondaire d'ARN par minimisation
d'énergie.
- ViennaRNA
-
- rnaalifold: Prédiction des structures secondaires d'un jeu de séquences ARNs alignées.
- rnaduplex: Prédiction des structures secondaires de séquences d'ARNs hybridées
- rnafold:
Prédiction de structures secondaires d'ARNs.
- rnacofold: Prédiction de structures secondaires de dimère d'ARNs.
- rnalfold:
Prédiction de structures secondaires locales d'ARNs.
- rnaplfold:
Calcul la probabilité moyenne d'appariement local sur de longues séquences.
- rnaeval:
Energie de séquences d'ARN à partir de structures
données.
- rnaheat:
Températures d'ARNs.
- rnadistance:
Distances entre structures secondaires d'ARN.
- rnapdist:
Distances d'ensemble de structures secondaires
thermodynamiques.
- rnainverse:
Séquence d'ARN calculée à partir d'une structure
secondaire.
- rnasubopt:
Prédiction de structures secondaires d'ARNs
suboptimales.
- TRNASCAN-SE
-
- RNAGA
-
- rnaga:
Prédiction de structures secondaires communes par
algorithme génétique.
- EMBOSS
-
- palindrome:
Recherche de répétitions inversées dans une séquence
nucléique.
- sirna:
Recherche de duplexes siRNA .
-
Affichage
- EMBOSS
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- cirdna:
Affiche la représentation des cartes circulaires de
constructions d'ADN.
- lindna:
Affiche la représentation des cartes linéaires de
constructions d'ADN.
- prettyseq:
Output sequence with translated ranges.
- remap:
Affiche une séquence avec les sites de restriction, la
traduction ..
- sixpack:
Affiche une séquence nucléique avec les traductions dans
les 6 phases et les ORFs.
- showfeat:
Show features of a sequence.
- showseq:
Affichage d'une séquence nucléique avec traduction,
features etc.
-
Autres programmes
- EMBOSS
-
- abiview:
Lecture et affichage de fichier de trace ABI.
- coderet:
Extraction de CDS, mRNA et de traductions des tables de
features d'une entrée de banque.
- marscan:
Recherche de sites MAR/SAR dans une séquence
nucléique.
- msbar:
Mutate sequence beyond all recognition
- revseq:
Inverse et complémente une séquence.
- shuffleseq: Shuffles a set of sequences maintaining composition.
- trimest:
Retirer les poly-A de séquences d'EST.
- vectorstrip:
limination des séquences de vecteur de clonage.
- wordmatch:
Recherche de toutes les sections identiques d'une taille
donnée entre deux séquences d'ADN.
![[english]](/icons/flag-en.gif)
Mise à jour: 2 avril 2008
bioweb@pasteur.fr