Recherches dans les banques

• Logiciels de recherche dans les banques locales
• Recherche de séquences similaires dans les banques de données
• Recherche de séqences à l'aide de profiles HMM dans des banques de données
• Blast post-processeurs

• Logiciels de recherche dans les banques locales

GOLDEN

• golden: Recherche rapide de fiches de banques par identifiant.

• Recherche de séquences similaires dans les banques de données

FASTA

• fasta: Sequence Comparison tool.




BLAST: Basic Local Alignment Search Tool.

• blast2: NCBI-Blast2 (version 2 développée au NCBI)
• wublast2: WU-Blast2 (version 2 développée à Washington University):




PSI-BLAST

• psi-blast: Position Specific Iterative Blast




PHI-BLAST

• phi-blast: Pattern-Hit Initiated Blast

• Recherche de séqences à l'aide de profiles HMM dans des banques de données

HMMER

• hmmsearch: Recherche de séquences matchant un profile HMM dans une banque de séquences.
• hmmfetch: Recherche un profile HMM dans une banque de profiles HMM.
• hmmpfam: Reherche les profiles HMM matchant une séquence requète, dans une banque de profiles HMM.

• Blast post-processeurs

BLAST2TAXONOMY

• blast2taxonomy: Affichage de la taxonomie d'un résultat Blast.




MSPCRUNCH

• mspcrunch: filtrage de résultats de Blast.




MVIEW

• mview: Formateur de résultats de Blast




HTML4BLAST

• html4blast: Formateur de résultats de Blast